Если вариант с вебхуками совсем не подходит (пример есть
тут), то есть несколько возможных вариантов:
1) Запускать несколько Docker-контейнеров с разным окружением, а токен передавать как переменную окружения TELEGRAM_TOKEN;
2) Запускать ботов в отдельных потоках (модуль
threading), с возможностью сихнронизации при необходимости.
3) Написать свой
Event Loop на asyncio, в котором обращаться по разным токенам к API телеги и запрашивать обновления.
Сколько возможностей!
