А я бы попробовал все слайды сделать прозрачными - background: transparent,
а цвет присваивать контейнеру body по классу, насколько я знаю у этого плагина body меняет название класса в зависимости от секции. Ну а плавный переход цветов организовать с помощью transition.
Не претендую на правильность решения, но вдруг поможет