Так IDEA показывает файлы, которые не подключены, как исходники. Вам надо зайти в File > Project Structure, найти/создать там нужный модуль и на вкладке Sources этого модуля отметить папку с исходниками кнопкой "Sources" (в принципе, это можно сделать и через контекстное меню папки в Project view).