Я как-то решал подобную задачу и столкнулся с проблемой, что после переименования могут произойти конфликты, когда имена разных файлов после удаления некоторых символов могут совпасть. В этом случае я делал в excel таблицу исходных имён файлов, переименовывал их в соседний столбец и проверял, что не появились дубликаты (если появлялись, то можно было прямо в excel написать какое должно быть новое имя). Когда добивался нужного результата с отсутствием дубликатов, то на основе таблиц делал BAT-файл поименного переименования файлов. Такой подход гарантирует, что не будет дубликатов и все файлы будут с точно заданными именами и не нужно делать дубликат каталога с файлами (или архив), т.к. размеры таких каталогов могут быть гигантскими и по количеству и по объёму файлов.
Думаю, что нужно не сразу в лоб переименовывать файлы в каталоге/каталогах а проверять, что после переименования не появится дубликатов. Регулярки, конечно, подойдут, но результат надо проанализировать заранее.
