Многим нравится редмайн, но так как мы используем джира, то могу помочь решить ваши проблемы используя JIRA:

1. нельзя помечать задачи как unread.
Если хотите именно помечать, то добавьте кастомное поле Unread. Можно настроить пост-функцию, чтобы при создании таска выставлялось поле в True, а при открытии таска в False. Далее настроить фильтр который отсортирует все таски с unread=true и вынести ссылку с фильтром на дашборд. Но я бы посоветовал вам ввести необходимые свои статусы в зависимости от нужд.

2. нельзя группировать задачи по папкам. например.
То что вы называете папками решается при помощи labels. Группируйте как вам надо. Также можно создавать related задачи с различными related активностями (duplicate, should be fixed before, should be fixed after),…

DateTime start = DateTime.Now;

// CALL

DateTime finish = DateTime.Now;

TimeSpan elapsed = new TimeSpan(start.Ticks - finish.Ticks);

А уже в elapsed есть и TotalSeconds и TotalMilliseconds и другое нужное Вам форматирование