У меня на поддержке с десяток магазинов на Woocommerce, Joomshoping, Bitrix. В целом скажу так, особой разницы нет, в хороших руках все можно сделать на любой платформе. В плане инструментов, расширений все зависит от проекта. В плане поддержки магазины на Joomla работают стабильнее, по ним реально меньше вопросов от клиентов. Woocommerce тоже не плох, но при обвеске доп.плагинами часто возникают конфликты и проблемы с новыми версиями, отлаживать их сложно, а еще меня раздражает обилие рекламы от плагинов в админке. Битрикс из другой лиги, но просто потому, что целиком платный. Из его недостатков скорость и поддержка, можно неделями вести переписку с саппортом, потом в итоге окажется что они тебе перезалили ядро и все заработало.
