Я так понимаю, они ломаются потому, что происходит перезагрузка страницы, и они оба ловят GET-параметры?

Аяксом реально пейджинг тогда сделать?

Либо инициализацию пейджером делать в зависимости от пришедшего идентификатора пейджера.

Если у вас нагруженное приложение и до апача отрабатывает Nginx, то лучше перенести эти правила туда. Иначе получается Nginx → Apache → .htaccess

Я пробовал так сделать, для редиректов получается в несколько раз быстрее, но надо знать, что писать в Nginx, да ещё и без IF-ов (потому что они зло)

Рекомендую сразу прикрутить Google Microformats к этому блоку, тогда ваши страницы в результатах поиска будут показаны прямо со звёздочками, очень удобно.

Google исходит из того, что оценка измеряется по шкале от 1 (худшая) до 5 (лучшая)

Вот конкретно что касается звёздочек — support.google.com/webmasters/bin/answer.py?hl=ru&answer=172705&topic=1088474&ctx=topic

site.com
site.com/eng/

Есть всего 4 способа, и этот №3 по крутости =) Хотя если «интересует для неограниченного количества языков», то выбор правильный, только стоит сразу использовать ISO коды, а не кастомные.

Я сделал специальный дефолтный роутер в Zend FW, чтобы всегда работало как у вас — server.com/ru/