Мне почему-то в вопросе показалось, что автор имеет ввиду изменение файлов вроде как с опцией allow_url_include. Если это так - то сторонние скрипты не смогут по http записать или изменить Вам что-то на сайте.
Или же поясните что понимаете под "сторонние PHP скрипты"