Я на арче столкнулся с таким же ( python3.3, django 1.6, mariadb 5.5).
Помогло следующее:
использование PyMySQL, т.к. гугл подсказал, что mysql-python не работает с python3
# pip install pymysql
Далее в __init__.py приложения (INSTALLED_APPS) добавим:
import pymysql
pymysql.install_as_MySQLdb()