После установки обновлений в папке Windows "раздувается" папка winsxs (и, возможно, некоторые другие).
Способы чистить её не всегда безопасны, поэтому мой выбор - расширять диск, особенно, при таких объёмах.

Да, в поставке php есть стандартная библиотека mcrypt.
Подробное описание здесь: php.net/manual/ru/intro.mcrypt.php

Если Вы чувствуете, что таблица получится слишком "редко заполненной" из-за большого количества столбцов (дополнительных признаков), перенесите все эти признаки в отдельную таблицу.

Например, можно сделать такие таблицы: articles (статьи), properties (дополнительные свойства статьи, какими они могут быть) и properties_values (значения дополнительных свойств, имеет структуру id_статьи - id_свойства - value).

Похожий подход используется в CMS, которой я пользуюсь.