Alet

Делал нечто подобное - только Яндекс Диск умеет нормально работать с симлинками - т.е. делаешь симлинки с нужных папок в папку Яндекс Диска. Всё остальное при такой схеме работы требует перезапуска клиента после обновления файлов в папке.