Если у вас не создаётся по 100500 файлов каждую секунду, вполне может быть, что вам будет достаточно обычного rsync.
Загружаетесь с LiveCD, создаёте нужную структуру разделов, на р азделах создаёте файловые системы, синхронизируете файлы с первой машиной, выключаете первую, включаете вторую. Всё сработает вообще идеально, если есть возможность на первой машине перевести синхронизируемые разделы в read-only-режим.