что эффективнее: хранить в записи список id объектов, которые должны быть обработаны при обращении к этой записи, в виде строки (скрипт будет парсить строку и отрабатывать каждый id), либо сделать триггер и хранимую процедуру (MySQL), которая возьмёт эту работу на себя?
Ни то ни другое.
Если тебе нужна канава, и есть экскаватор, то взять из его ремнабора лопату и ей копать канаву - голимая дурь. Это что касается обработки в скрипте - сервере БД сделает то же на порядок быстрее и эффективнее.
Но есть ещё косяк - в том, как хранятся данные. Упаковка набора данных в одну запись в виде CSV-списка - это тоже дурь в подавляющем большинстве случаев. Умные люди не зря придумали нормальные формы, которые позволяют обрабатывать данные максимально эффективным образом.
Вот и займитесь - почитайте про нормализацию, нормализуйте схему БД. А потом обрабатывайте данные на сервере как надо. В большинстве случаев оказывается, что супер-пупер-сложная обработка сводится на самом деле к одному не сильно сложному запросу.
Насчёт триггера - сильно сомнительно, что он нужен. Триггер - это реакция на изменение данных, тогда как, судя по описанию, сигналом на обработку будет явное действие оператора без изменения данных, типа нажатия кнопки в форме. По-моему, будет достаточно если не запроса, то хранимой процедуры.