в данном контексте
email` NOT IN
и
email` IN
Взаимоисключают друг друга.
мой запрос занимает около 500 секунд в mysql
Какой тогда должен быть полный код запроса в mysql для переноса старой таблицы с данными в структуру новой таблицы и игнором отсутствующих полей?
Ну сделайте по-нормальному - ROW_NUMBER() в CTE и WHERE rn=1 снаружи.