Ajex

Sendmail

Все — никак. Самый лучший способ изначально организовать логику работы так, чтобы все обработка переменных происходила по одинаковым принципам во всех модулях.
Когда на каждой странице своя проверка, очень велика вероятность, что что-то забудете и пропустите.
Также, думаю, не само собой разумеющееся, что для обращения к БД не стоит работать напрямую, а использовать специальные фрейморки, в которых заложен дополнительный слой проверок. Например PDO или аналоги.
Для поиска уязвимостей есть специальные сканеры, например Acunetix, havij… вот тут неплохой обзор habrahabr.ru/post/125317/
Однако ни один сканер не найдет все уязвимости, ибо они могут быть совершенно не очевидными.

К примеру, даже если вы сюда воткнете проверку, это не защитит от уязвимости при включенных register_globals
if($_REQUEST[xid]) $id = (int)$_REQUEST[xid];
ибо переменную id можно просто передать в параметрах, а про xid просто напросто «забыть». Тогда в $id уже можно будет передать что угодно.
Т.е. правильный код в данном случае будет каким-то таким
if (!isset($_REQUEST[xid])) {die(); } $id = (int)$_REQUEST[xid];

Достаточно простой и действенный и универсальный метод — в коде html устанавливаете яваскриптом любую куку. В index.php в самом начале добавляете банальный код

if (!isset($_COOKIE['mycookie'])) {exit;}

как вариант можете в добавок к exit добавить функцию добавления ипа в черный список фаерволла(можно временный через ipset), в случае если кто-то пришел не через куку.
Правда нужно немного переделать структуру сайта так, чтобы первый раз пользователь заходил на хтмл страницу, которая будет ставить куку, а уж потом по ссылке на пхп.
Если это невозможно, тогда как-то так:

if (!isset($_COOKIE['mycookie']))
{
setcookie('mycookie','some_cookie_text',time()+60*60*24*300,"/",".адрессайта.домен");
echo 'Для входа на сайт перейдите по ссылке';
exit;
}

в таком случае все новые пользователи будут видеть ссылку «Для входа на сайт перейдите по ссылке», а после ее нажатия получать куку и заходить на сайт.

LiveStreet? По-моему как раз то что нужно. Стандартно используются популярные фреймворки. Плугинами дописывай что хочешь, там достаточно просто все.