90% документации на английском. Так что это не желание, а необходимость.
Правильная организация кода приходит с опытом, и если ты не слепой и можешь отличить лаконичный код от городской свалки.
По работе с БД хороший курс Databases in Python от UMich на coursera.
Ограничение прав к GUI, я полагаю, зависит от используемых библиотек.
Оптимизация тоже с опытом. Ну и исследовать чужие проекты на том же гитхабе - занятие в этом плане полезное.
