Вам более чем подойдёт docker + docker-compose.
Делаете images - php5.6, php7, остальное в сети легко найти и использовать.
(p.s. можно не делать, но так быстрее разберётесь)
Ни каких ssh ключей в контейнеры не нужно, порты делать разными, если прокидываются на хост.
Код на хосте, монтируете в контейнеры или добавляете.
Для разработки лучше монтировать и работать с локальной папкой.
Менять конфиги в docker-compose.yml директивы environment или env_file .
Бекапы можно прям контейнерами или tar.gz -> docker load tar.gz container ...
На каждый проект по-любому 1 VM, что весьма накладно, если хотите одновременно работать с ними,
или docker container приложения + containers services (nginx , mysql, redis), которые можно использовать в разных проектах(php5, 7).