Покажите как выводите форму, должно быть как-то так
$form = ActiveForm::begin();
$form->field($model, 'email');
ActiveForm::end();
Ни чего не сохраняется как раз потому, что сработало правило. А подсветка зеленым - емайл введен корректно, уникальность проверяется после отправки. Либо можете сделать свою проверку аяксом
