Стили же вручную подключаются, из описания:
import 'vue-toast-notification/dist/theme-default.css';
//import 'vue-toast-notification/dist/theme-sugar.css';
Просто скопируй css в проект, изменяй и подключай напрямую:
import './theme-default.css';
или типа того.
Ну элементарная логика же.
А изменения в
node_modules
в любом случае только локальны, в этом вся суть - не таскать код библиотек с кодом проекта. Если очень надо - можно сделать копию библиотеки и подключить через
file:\link:
, но это не ваш случай.