Adamos

Я для разбивки PDF на страницы использую pdfjam, например.
Но ваша задача довольно мутно сформулирована, тут трудно что-то подсказать.
Есть ощущение, что вопрос "мне не нравится та программа сканирования, которая идет с МФУ, она плохая, подскажите хорошую". И нельзя исключить вариант, что вы просто не разобрались в ее настройках.

Со стороны jsPDF, например. Adobe в этой задаче явно лишнее звено.

HTML рыба + введенные данные -> конвертер HTML в PDF

Может, лезет обновиться и падает? Adobe утверждает, что обновление ее продуктов можно принудительно выключить таким ключиком:

[HKLM\Software\Policies\Adobe\<product name>\<version>\FeatureLockdown\cServices]
"bUpdater"=dword:00000000