Ну все вроде просто.
Берете ваше облако, получаете там доступ по IMAP.
Берете ваш сервер локальный, настраиваете там IMAP (если еще нету)
Затем берете imapsync, и нехитрым прочтением мануала к нему, легко и непринужденно переносите почту. Можете списком, можете по одному ящику, можете в скрипт все обернуть и наделать проверок. Самое главное, что это рабочий инструмент, и легко выполнит вашу задачу.
Письма исходные никуда не денутся, и даже после "переноса" почтовых ящиков.