автоматическая генерация идентификаторов поддерживается далеко не всеми диалектами маркдауна.
если хотите безотказный вариант, используйте html (если, конечно, ваш редактор понимает html):
над строкой, на которую хотите сослаться поставьте
<a id="custom-anchor-name"></a>
# Заголовок
и затем ссылайтесь на этот идентификатор обычным образом:
[Заголовок](#custom-anchor-name)