Артем Рыженко

Логика очень странная у Вас. Как самой задачи так и решения.
1) Зачем там чекбокс лично мне совсем не понятно. Это явно должна быть кнопка, или скорее даже просто блочный элемент.
2)$('.backtotop:not(:checked)')
Данный селектор повесит событие на не выбранный чекбокс с классом .backtotop, но дело в том что после изменения его состояния, обработчик события уже висит на нем, и точно так же срабатывает, независимо от состояния чекбокса.

Решение готовое вам не дам. Используйте div в качестве кнопки и внутри обработчика события нужно поставить условие которое не даст сработать клику после одного нажатия. Для этого нужно использовать временную переменную.

Внешние скрипты и стили лучше подключать с помощью cdn.
В частности при открытом файле index.html можно найти кнопку External Resourses.
Там уже находятся часто используемые библиотеки и есть поиск который даст Вам ссылку, которую можно подключить стандартным методом с помощью тега script.

Во фрейме боюсь никак. Ни js ни css не будут работать в фрейме с стороннего сайта. Можно попробовать прогнать страницу через свой сервер и вывести данные на странице, но тогда вряд ли пройдет оплата с другого домена.

В вашем случае нужно просто запустить веб сервер и все заработает.