Ну по порядку:
- для изменения стиля, да, перезаписываете дефолтный стиль. Можно также добавлять свой.
- Тут скорей подгонка Bootstrap под предварительный дизайн.
- Про нечистый код, это спорно. Есть те кто верстают от бога а есть простые люди. Каждый раз писать стили с нуля, когда у тебя в неделю по пять сайтов, не удобно.
- Bootstrap -это CSS framework. С коробки он дает grid, responsive design, css-плюшки. Я предполагаю что заказчики любят его за быстроту, красоту и responsive design.
- Даже незнаю пишуть ли макеты специально под Bootstrap. Скорей Bootstrap подстраивается под макеты.
Сила и мощь в Bootstrap в его простоте и изменяемости. Можете
здесь посмотреть примеры сайтов сделанных с помощью Bootstrap.