Я бы загрузился в любой линукс, или можно было бы даже установить для тестов. И там посмотреть на поведение. Если нет такого - то дело в софте - сама винда, драйверы. Если аналогично загруженность - посмотреть для начала вывод dmesg | tail.
Или профильтровать по "disk", "interrupt". Дальше если что интересное вылезет, кто-то подскажет, я так сходу не могу. Вдогонку - iotop, htop.
Но вообще, если в обеих ОС одинаковые проблемы - то что-то с железом, на 100%. Ну и снять диск и принести домой, дабы попробовать на заведомо исправном другом железе - я думаю, нет проблем.