AVKor

Переустановка результатов не дала.

И не могла дать. Бессмысленное совершенно действие.

В чем может бать проблема и что делать?

В том, что в этом дистрибутиве нет многих распространённых в других дистрибутивах пакетов (например, я обнаружил, что там нет bzip2).

Что можно сделать?

Варианты такие:

1. Обратиться к ним в поддержку и/или на форум или что там у них есть.
   
2. Пользоваться дистрибутивом, по которому куда легче получить ответ тут (Debian, например).
   

https://www.computerhope.com/unix/apt-mark.htm

настройка зависимостей лежит на пользователе

Нет. На сопровождающем пакета.

Также наткнулась на информацию, что через snap лучше устанавливать тяжеловесные приложения, а через apt все остальное.

Нет.

И еще из нескольких статей сделала вывод, что snap предоставляет большую безопасность.

Нет.

snapd зависит от systemd.

Правильная бунта и правильный арч с правильным пакетным менеджером называется Debian. Особенно для старенького ноутбука.