AUser0

Вы полните следующую команду в обычной консоли и в IDE:
printenv PATH
и сравните результат выполнения.

А из откуда PHP возмёт все эти значения? Где, когда они были определены?
Ну так вот их и надо назначать прямо в этом inline-скрипте, ПЕРЕД использованием.

Проверять через: /bin/php -r 'var_dump($SITEDIR);'

На сервере с IP 3.137.41.2 команда

iptables -t nat -I POSTROUTING -d 3.137.41.2 -p tcp --dport 25565 -j DNAT --to-destination 3.129.52.75

Разумеется на этом сервере должен быть включен IP forwarding: sysctl net.ipv4.ip_forward=1

IMHO проще просто запустить четыре ping-а с сохранением ошибок в файлы, а после перерыва Интернета убить всё ёще ping-ующие процессы, файлы скормить тех-поддержке.
Запускать например так:

ping -i5 -n 127.0.0.1 | grep -v ' time=' >ping1.log 2>&1 &
ping -i5 -n 127.0.0.2 | grep -v ' time=' >ping2.log 2>&1 &
ping -i5 -n 127.0.0.3 | grep -v ' time=' >ping3.log 2>&1 &
ping -i5 -n 127.0.0.4 | grep -v ' time=' >ping4.log 2>&1 &

А убить:
killall ping
IP-шники 127.0.0.X догадаетесь заменить на свои адреса?

P.S. Нормально ушедшие-вернувшие запросы в лог-файл НЕ ПОПАДУТ. Зато и файл не распухнет до неимоверных размеров.

Так скрестите оба этих варианта:

grep '<a class="catalog-box__link" href="/"><i' -P -R -I -l  * | xargs sed -i 's|<a class="catalog-box__link" href="/"><i|<a class="catalog-box__link" href="##"><i|g'

Вывод _И_ ошибки нужно записывать так:

megacmd sync /tmp/site/ mega:/backup/latest/ >log.txt 2>&1

Код "[2K" в начале каждой строки "Copying ..." заставляет консоль переместить текстовый курсор в начало строки. Поэтому каждая следующая строка отображается поверх предыдущей строки, и именно поэтому проценты в этой строке меняются, а экран не заполняется строками.

А вот как из всего набора строк оставить только последнюю, с максимальным процентом... Хмммм... Один из вариантов:

head -n1 log.txt >log2.txt ; grep 'Copying ' log.txt | tail -n1 >>log2.txt ; tail -n1 log.txt >>log2.txt

#~/bin/bash

pat='_([0-9]+)_A'
for file in $(find ./ -name '*.fastq')
do
        if [[ "${file}" =~ $pat ]]
        then
                java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
                file_${BASH_REMATCH[1]}_A.fastq \
                file_${BASH_REMATCH[1]}_B.fastq \
                output-file_${BASH_REMATCH[1]}_A-FOR.fastq \
                output-file_${BASH_REMATCH[1]}_A-REV.fastq \
                output-file_${BASH_REMATCH[1]}_B-FOR.fastq \
                output-file_${BASH_REMATCH[1]}_B-REV.fastq \
                ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
        fi
done