Проблему решил вот таким способом:
$string = file_get_contents($file);
if(substr($string, 0,3) == pack('CCC',0xef,0xbb,0xbf))
{
$string=substr($string, 3);
}
file_put_contents($file, $string);
Видимо надо менять редактор. Хотя раньше таких проблем небыло
