Никита

Твоя проблема в том, что ты в каждом файле определил объект bot, и в итоге каждый файл подписывается на своего бота... но работает только бот из main.py, так как он определяется ПОСЛЕДНИМ и переписывает имя bot на себя. Так что bot.infinity_polling() в итоге запускает только бота из main.py, а остальные боты остаются незапущенными.
Можно схитрить и заставить все файлы использовать один объект бота. Например, переписав вспомогательные файлы таким образом:

# commands.py
def register_commands(bot):
  # функция register_commands должна присутствовать в каждом файле,
  # и содержать вложенные объявления обработчиков событий.
  # bot - объект бота, на котором регаются обработчики. 
  # таким же способом можно пробросить другие глобальные объекты программы.
  # очень важно, чтобы функция вызывалась РОВНО один раз в программе!
  # дальше пошли обработчики...
  @bot.message_handler(commands=['version'])
  def version_message(message):
      bot.send_message(message.chat.id, 'Текущая версия бота 1.0')
      bot.send_message(message.chat.id, 'Что умеет эта версия?\n1.Что-то точно умеет')

Тогда в main.py будет что-то вроде...

import commands
import weather

bot = telebot.TeleBot(.................)

# заставляем модули объявить и зарегистрировать свои обработчики
commands.register_commands(bot)
weather.register_commands(bot)

# дальше идут местные обработчики
@bot.message_handler(content_types=['text'])
def send_text(message):
    if message.text.lower() in a:
        bot.send_message(message.chat.id, 'Привет, создатель')
    elif message.text.lower() =='ghbdtn':
         bot.send_message(message.chat.id, 'Тебе тоже привет, раскладку переключи')
    elif message.text.lower() in b:
        bot.send_message(message.chat.id, 'Прощай, создатель ')

# ну и запускаем бота
bot.infinity_polling()

Такие большие декораторы должны быть определены где нибудь в самом низу @bot.message_handler(content_types=['text'])

Что происходит: пишите /test, библиотека ищет, в какую функцию закинуть это сообщение. И отправляет все это в def send_text(message):, потому что /test хоть и выглядит как команда, все же является текстом. Поэтому срабатывает верхний декоратор, который ловит все текстовые сообщения.