5mc

Можно заменить setInterval на setTimeout, в конце функции появится setTimeout и каждый раз уменьшать следующую задержку: codepen.io/anon/pen/WwYXmm?editors=1111 (0.9 - замедление, 100 - минимальная задержка, 2000 - начальный интервал)

function create(delay) {
  console.log(delay);
  if (delay > 100) {
    setTimeout(create, Math.floor(delay), delay * 0.9);
  }
}

create(2000);

Циклом. В каждом проходе создаем нужное количество divов (вложенный цикл), после чего delay на один и те же 5 секунд (или sleep, интервал/таймер не помню что из этого есть в JS), и следующий проход.
Очень простой алгоритм.