Раз все молчат, посоветую
SDE for Eclipse — UML diagram and database design plug-in for Eclipse, платная, но, пожалуй, это самый удобный моделер (по-моему, едиственный в котором создавать диаграммы доставляет удовольствие). версия для linux-а вроде есть.
Из недостатков — цена, но если лицензионность не критична — вполне можно получать раз в месяц триальный полнофункциональный ключ…
+ чуть ранее уже был такой же вопрос и некоторые другие варианты есть там:
Какой редактор выбрать для рисования UML диаграмм в Eclipse (helios)?
(
ставил все, остановился на SDE — остальное для работы мало пригодно, IMHO)
