Вот что сам автор пишет, почему дальше не развивается DOS-версия:

- Довольно сложно расширить границу поддерживаемого объёма. Нужно переписывать много процедур, используя вместо одного регистра — пары 32-х битных регистров (например eax:ebx) и 64-битную арифметику с переносами.
- Прогресс компьютеров не стоял на месте. В них появились такие нововведения, как UEFI, AHCI и упразднение режимов совместимости с IDE. А значит, требуется программировать различные дисковые контроллеры самому, что явно не будет способствовать универсальности.
- Слухи о «лучшем» лечении дефектов под ДОС сильно преувеличены. Если всё делать правильно, то в Windows, задействовав режим PIO, можно добиться ещё лучших результатов.
- Victoria-DOS создавалась, когда я не очень хорошо умел программировать. В ней отражен мой уровень развития на 2005 год. С этого времени многое было переосмыслено, и опробованы более рациональные решения, которые воплотились в программе для Windows.

Т.е. в большинстве случаев предпочтительнее использовать Windows-версию. Как правило, сканирование под Windows идёт намного быстрее.