Мы обошлись небольшим скриптом, пакетно корректирующим время worklog'ов за требуемый диапазон времени по принципу если created - started < время проскальзывания (10 секунд), то переносим started назад на timeSpentSeconds.
Минус решения - записи о времени отображаются в JIRA, как измененные.