Для данных могу вам предложить CobianBackup прекрасная бесплатная программа, очень проста в настройке, создает обычные или инкрементальные архивы по расписанию. Но систему ей никогда не бекапил, не уверен что подойдет и второй момент если у вас шары с ресурсами которые нужно бекапить децентрализованы то и утилитку придется настраивать на каждой машине.
www.cobiansoft.com/cobianbackup.htm