Как уже написали в других ответах, вам выводит вначале первое число, так как вы именно это и делаете сразу после считывания:
x = int.Parse(Console.ReadLine());
y = int.Parse(Console.ReadLine());
//z = int.Parse(Console.ReadLine());
Console.WriteLine(x);
Но, подозреваю, что на самом деле вы спрашиваете о том, почему не выводит само число, а только букву:
Console.WriteLine("X", x);
Console.WriteLine ожидает увидеть в качестве первого параметра форматную строку:
Console.WriteLine("X: {0}", x);
или через интернирование строк:
Console.WriteLine($"Y: {y}", y);
На всякий случай приведу весь код с небольшими изменениями (убрал лишнее):
int x = int.Parse(Console.ReadLine());
int y = int.Parse(Console.ReadLine());
if (x > y)
Console.WriteLine("X: {0}", x);
else
Console.WriteLine($"Y: {y}", y);
Дополнительно о форматировании строк можно прочитать в
документации