Можно пойти от заведения Типов Цен. Есть товарная позиция - Молоко (оно и в Африке - Молоко), есть "опции" Молока, в данном случае: "Производитель", "Процент жирности" и тп.
Заводим "Тип цены" - "Базовый". который может просто рассчитываться из закупочной. Далее заводим другие типы цен (Точки, Сети, Филиалы, "Цены для магазина в Бобруйске" и т.п.) Важная характеристика Типа цены - правило расчета - динамическая или на основании другой цены + фиксированный процент (или любой другой алгоритм) - суть правила расчета - назначить/рассчитать цену по входящим данным, как то: Товар, его опции, точка сети и т.д.
Для каждого товара свой тип цены, в зависимости от опций и/или сетей - для товара (а с опциями - это уже SKU) назначается определенный/свой тип цены для его расчета.
Это вкратце)
ЗЫ думаю, важный момент иметь общую НСИ для всего ИТ поля. И даже если в каждом магазине своя база и "свой id номенклатуры" - необходимо внедрить общий реквизит для их синхронизации. Это касается и "типов цен" и "правил расчета цен"