Во-первых, логи Apache должны показать какая активность была в прошлом. Оттуда можно извлечь статистику запросов (кол-во) и по сайтам в отдельности и в совокупности. Типичной причиной внезапной нагрузки могут быть поисковые боты, а также сканеры уязвимостей.
Во-вторых, стоит установить на сервер агент munin-node и вести мониторинг с другого сервера.
В-третьих, возможно, настала пора отделить MySQL в отдельный сервер.
