онлайн стал расти и появилась ошибка mysql: too many connections.
Я сделал опрос файла каждые 30 сек, ошибка стала появляться очень редко, но все же появляется, я подумал что это бред, у меня же есть node.js
Если допустить, что с node.js не закрываются соединения с MySQL, то это не бред. Тогда их количество растет и доходит до лимита. Нужно либо использовать пул соединений, либо уменьшать время соединения с СУБД. А лучше и то и другое вместе.
А если не решать эти проблемы, тогда можно повысить лимит в конфигурации MySQL и выделить больше ресурсов машине.
Касательно вопросов, нужно почитать что такое аутентификация и авторизация. А, поняв что это такое, начать реализовывать либо искать библиотеки.
Или не морочить себе голову и просто интегрировать готовое решение на сайт.