Святослав Немато: почитай про символьные ссылки в Линуксе. Это когда при обращении по имени символьной ссылки система знает как ссылаться на другой файл, даже в другой директории.
Ankhena W: в nginx можно задавать переменные окружения только с правами админа. В этой переменной можно хранить хеш пароля. При запуске веб-сервера у программы будет доступ к нему и с помощью него и OpenSSL можно расшифровать пароль и использовать его для подключения к СУБД.
yakvko: стоит подумать над тем чтобы фрилансеры могли работать и над уменьшенной копией хранилища, минимально достаточной для эффективной работы. Видео можно тогда расшарить по BitTorrent ссылкам при подключении нового человека.