code.google.com/p/flyway/ — хороший тул, а главное
концепция.
Мы в частности сначала сами делали файлики типа
01.init_tables.sql
02.add_one_table.sql
03.add_another.JIRA-1251.sql
Так и трэкали. Flyway делает многгое за вас, в частности делает метатаблицу, где отражает изменения и показывает текущую версию схемы.