Если изменить пример у 
WaitForEndOfFrame, в котором делают скриншот, то можно брать цвет только одного пикселя:
using UnityEngine;
using System.Collections;
public class ColorClick : MonoBehaviour
{
    Texture2D tex;
    //public Renderer test;
    void Start()
    {
        tex = new Texture2D(1, 1, TextureFormat.RGB24, false);
    }
    IEnumerator ReadPixelColor()
    {
        // We should only read the screen buffer after rendering is complete
        yield return new WaitForEndOfFrame();
        float x = Input.mousePosition.x;
        float y = Input.mousePosition.y;
        // Read screen contents into the texture
        tex.ReadPixels(new Rect(x, y, 1, 1), 0, 0);
        tex.Apply();
        Color color = tex.GetPixel(0, 0);
        //test.material.color = tex.GetPixel(0, 0);
        //Debug.Log(color);
    }
    void Update()
    {
        if (Input.GetMouseButtonDown(0))
        {
            StartCoroutine(ReadPixelColor());
        }
    }
}