Обычно все очень просто.
Если история самих коммитов вас не беспокоит +/- один коммит, тогда это можно решить просто добавлением еще одного коммита. В этом коммите удалите эти самые файлы (делать нужно в той самой ветке которую отправили на PR).
Если запушите изменения в ветке. Увидите что коммит автоматически подтягивается в PR.
