Где-то зациклилось. Может таймаут слипа в конфиге сбился и стал нулевым, может по какому-то условию слип пропускается или в другом цикле виснет. Запросы к реестру, вероятно, идут от функций запроса информации о файле (имя, размер). Может в папке очень много файлов и запросы идут вообще без пауз (добавьте небольшой sleep в два других цикла). Я б добавил отладочные выводы и увеличил sleep на время отладки
