Причин может быть много. Например, дефрагментация или проверка на вирусы по расписанию с запуском пропущенных задач, или корявая программа, которая забирает, но не отдает память, что заставляет использовать своп. На мой взгляд, для Windows 7 нужно от 4 Гб памяти. Понятно, что работает и с 2-3 Гб, но значительно хуже.
Если захотите выявить тормоза диска, запустите perfmon.exe и посмотрите, счетчик Физический диск\Средняя длина очереди диска. Если он подолгу превышает 2, диск не справляется.
