0x6B72616B656E

Модуль существует
/usr/lib/php/modules/pdo_mysql.so

Создал файл /etc/php/fpm.d/pdo_mysql.ini с pdo_mysql.ini
Перезапустил php-fpm и все заработало.
Спасибо. Особая благодарность Amadeusck!

В обоих случаях phpinfo(); показывает
Loaded Configuration File -> /etc/php/php.ini

/etc/php/php-fpm.conf кофиг выложил на pastebin

Перезапускать пробывал. Не помогло.
Все файлы установленные с php-fpm
php-fpm /etc/
php-fpm /etc/logrotate.d/
php-fpm /etc/logrotate.d/php-fpm
php-fpm /etc/php/
php-fpm /etc/php/fpm.d/
php-fpm /etc/php/php-fpm.conf
php-fpm /etc/rc.d/
php-fpm /etc/rc.d/php-fpm
php-fpm /usr/
php-fpm /usr/sbin/
php-fpm /usr/sbin/php-fpm
php-fpm /usr/share/
php-fpm /usr/share/man/
php-fpm /usr/share/man/man8/
php-fpm /usr/share/man/man8/php-fpm.8.gz