если в контейнере дебиан, то из репы deb.sury.org можно поставить одновременно php7.3 и php5.6, при этом бинариники/либы не будут друг с другом конфликтовать
и запускать можно как
хорошая практика один проект - один докер конфиг
поэтому проекты на php5.6 и php7.3 будет иметь каждый свою версию
поэтому шаги простые
1. переходишь в папку проекта
2. $ docker-compose up -d && docker-compose exec app bash
3. $ php some_script.php