мне надо чтоб по артикулу, он определил product_id из другой таблицы и заменил related_sku ( артикул в даный момент) на product_id из другой таблицы.
Нехорошая идея - портить данные. причём так, что ни повторить, ни откатиться. Куда как лучше создать третье поле
ALTER TABLE related_products ADD COLUMN related_id INT;
и уже в него добавить соотв. значения
UPDATE related_products p
JOIN another_table a ON p.related_sku = a.sku
SET p.related_id = a.product_id
WHERE p.related_id IS NULL
WHERE нужен на случай повторных запусков второго запроса - вдруг не все соответствия будут получены из-за опечаток, различного написания и пр.