Выложите дополнительно CREATE TABLE обеих таблиц и EXPLAIN второго запроса. Также укажите для таблицы ориентировочный процент записей таблицы, имеющих l3_.boolean = 0.
И этот индекс используется (Using index).
Это означает немного не то, что Вы думаете. Индекс, да, используется, но не как индекс, а просто как компактная версия таблицы - её проще сканировать.