Fade-эффект – это opacity, а никак не display, которое вообще-то не анимируется.
К то му же, меню должно выпадать из потока, чтобы не сдвигать содержимое при появлении. Для этого используется свойство position.
update:
Кажется я понял, что вы имели ввиду.
Hover, надо назначать всему контейнеру, а не соседнему элементу.
Иначе, при смене положения курсора, состояние hover будет переходить на другой элемент. Соответственно ваш стиль перестанет работать и меню будет опять скрыто.
Сделайте так:
.pagelayer-col-holder:hover > .pagelayer-wp_nav_menu {
opacity: 1;
}