Если вдруг кому-нибудь будет актуален этот вопрос, xhprof не самым лучшим образом работает с php 5.5. Существует форк
uprofiler, в котором этот недочет исправлен.
Единственное, при использовании переименованного модуля, нужно все вызовы функций xhprof_* заменить на аналогичные uprofiler_*, а константы XHPROF_*, соответственно, на UPROFILER_*